Im SPI-Modus stehen dem Anwender des Equinox FS2009STD zwei Reserve I/O-Pins zur Verfügung; im UART-Modus ist es 1 Reserve I/O-Pin.
Diese können zur Schaltungskontrolle im Zielsystem (wie Chip Select, zusätzliche RESET-Leitungen, Watchdog Timer usw.) genutzt werden.
Stand alone-Modus - Program -> Test -> Re-Program
Es kann eine Programmier-Sequenz von mehreren Projekten durchgeführt werden:
Programmieren der Test-Firmware
Ausführen der Ziel-Firmware
Warten auf die Ziel-Firmware
Programmieren der Produktions-Firmware
Diese Funktion ermöglicht es, das Programmiergerät als einen Teil einer In Circuit Test-Prozedur zu verwenden, wo es der Ziel-Firmware erlaubt sein muss, z. B. einige Kalibrationswerte zu berechnen.
Der Equinox FS2009STD programmiert dabei zuerst eine Test-Firmware in den Zielbaustein, erlaubt dann diese zu starten und wartet bis die Ausführung der Firmware beendet ist. Anschließend wird die richtige Produktions-Firmware in den Zielbaustein programmiert.